A Combine Birodalom lerohanja és uralma alá hajtja a Xent, és az egész bolygót rabszolgasorsba kényszeríti. Megszokott technikájukat alkalmazzák a xeniek elpusztítására. Ez a technika abból áll, hogy keresztezik a meghódítandó bolygó domináns faját (ez Xen esetében a Vortigaunt) a saját technológiájukkal, és így szuperkatonákat hoznak létre, amelyek az egész bolygó elfoglalására képesek. Technikájuk további része, hogy a kiszemelt faj egyik tagját a saját oldalukra állítják, akinek feladata, hogy a bolygó vezetőjeként biztosítsa a faj többi tagjának alkalmazkodását a combine követelésekhez. Xen esetében ez a vezető Nihilanth (habár ismeretlen, hogy Nihilanth Vortigaunt-e, vagy sem). Ellentétben Breen-nel, Nihilanth-ot kényszeríttették a combine-ok, hogy együttműködjön. Talán Nihilanth volt Xen vezetője mielőtt a combine-ok megszállták a bolygót, és más eszközökkel kellett őt jobb belátásra bírni. Ez idő alatt a Földön Gordon Freeman a MIT-n tanul a doktorátusához. Az új-mexikói Black Mesában teleport kísérleteket folytatnak. Eli Vance és Dr. Kleiner tudósok ellenőrzése alatt kristályokat szereznek a Xenről, és organizmusokat analizálnak. A kutatások folytatódnak. Mindeközben a Xenen a combine-ok felfedezik a Black Mesa portáljait, melyeken keresztül a Földre juthatnak. Ismeretlen körülmények között kapcsolatba lépnek Wallace Breen-nel, a Black Mesa igazgatójával. Hatalmat és gazdagságot ígérve meggyőzik Breent, hogy az emberiség legnagyobb lehetősége arra, hogy megismerje a csillagokat és az univerzumot az, ha beolvadnak a combine-ok Galaktikus Uniójába (”Universal Union”). Breen bekapja a horgot, azt hiszi, hogy a combine-ok tényleg segíteni akarnak az emberiségnek (valójában a leendő rabszolgáikat látják az emberi fajban). A combine-ok a Föld elfoglalására készülnek.