Gordon és Alyx sikeresen kikecmeregnek a kisiklott szerelvényből. Hamarosan azonban kénytelenek belátni, hogy a dolgok rosszra fordulnak: újra megjelentek a portálviharok, amelyek a combine-ok első érkezésekor is jellemzőek voltak. Egy kommunikátoron ismét kapcsolatba lépnek a tudósokkal: Eli Vance-szel, Dr. Kleinerrel, és Arne Magnussonnal. A terv az, hogy kettejüknek el kell jutnia a White Forest nevű titkos bázisukra, ahol a Citadellából nyert adatoknak nagyon sok hasznát vehetik. A portálviharokat ugyanis csak egy rakétával lehetne megállítani, a kilövéshez azonban szükség van a pontos koordinátákra.

Útnak indulnak, ám hamarosan Hunterek rontanak rájuk, és Alyx súlyosan megsérül. A Vortigauntok talán tudnak segíteni, de csak akkor, ha tudunk nekik segíteni az antlionok fészkéből szerezni egy bizonyos anyagot, amit ők csak "Vortessence"-nek hívnak. Kalandos út után sikerül magához téríteni a lányt, ám a mágikus cselekmény közben G-Man is megjelenik Gordon vízióiban. Elmondja, hogy Alyx életét ő mentette meg Black Mesában, mert tervei voltak vele. Azt is mondta, hogy ha találkozik Elivel, mondja meg neki, hogy készüljön fel a beláthatatlan következményekre. Mikor Alyx magához tér, nem úgy tűnik, hogy bármire is emlékszik az álomból, legszívesebben elindulna. Továbbhaladásuk során egy lerombolt híd túloldaláról szerez Freeman autót, mellyel gyorsabban mehetnek White Forest felé. Útközben találnak egy Combine Advisort, akivel majdnem végeznek is, de az telekinézissel a falhoz lapítja őket, majd elmenekül. Újabb combine sereg érkezik, akikkel sikeresen leszámolnak, majd egy lázadó bázisra érnek. Az autó motorja itt meg is adja magát.

Miközben javítják a motort, Gordon kifüstöli az útjukba álló combine erőket. Miután tiszta lett a terep, autóba pattannak, és megindulnak a közeli White Forest felé. A bázison már nagyon készülnek a tudósok a kilövésre. Ám a combine seregek betörnek a bázisra, s előbb Freemannek ki kell őket füstölnie. Miután ez is megvolt, a tudósok teljesen megfejtik Dr. Mossman adását. Eszerint a hely, ahol ő most van, egy Borealis nevű kutatóhajó, mely az Aperture Science egykori tulajdona volt. Mikor Alyx véletlenül azt találja mondani, hogy készüljenek fel a beláthatatlan következményekre, Eli hirtelen ideges lesz, és azt mondja, hogy a hajót el kell pusztítani (Később kiderül, hogy ő is tud G-Man létezéséről). Kleiner szerint viszont a technológia, még ha veszélyes is, az emberiség hasznára válik. Akárhogy is, miután vége az egésznek, el kell menni a hajóra.

Ám addig még vissza kell verni egy erős combine támadást, rengeteg striderrel. A Magnusson által kifejlesztett új ketyerék segítségével hamar leradírozzák az ellenfeleket, jöhet tehát a rakéta kilövése. A szuperportál elpusztul, a combine-ok nem tudnak erősítést hívni. Gordon, Alyx, és Eli egy helikopterhez indulnak, hogy elmenjenek a Borealisra, ám váratlanul Combine Advisorok ütnek rajtuk. Elkapják Elit, majd megölik, és az agyából minden fontos információt leszívnak az ellenállásról. Gordon és Alyx megmenekülnek, Kutya közbelépésének köszönhetően, de az Advisorok addigra már megtették, amiért jöttek.